La Dependencia fue creada por Acuerdo de Rectoría 1,431-86, de fecha 11 de noviembre de 1986, con el nombre de Archivo y Centro de Documentación General de la Universidad de San Carlos. En Acuerdo de Rectoría No. 1,423-93 de fecha 19 de octubre de 1993, se le denomina Archivo General de la Universidad de San Carlos de Guatemala.
Para que el funcionamiento de la Unidad tuviera un fundamento legal, en el Punto Séptimo del Acta 23-94 de sesión celebrada por el Consejo Superior Universitario el 3 de junio de 1994, es aprobado el normativo denominado “Base Legal para el funcionamiento del Archivo General de la Universidad de San Carlos de Guatemala” y subsiguientemente, en el punto Décimo del Acta No. 13-97, de la sesión celebrada por el Consejo Superior Universitario el 09 de julio de 1997, es aprobado el Reglamento del Archivo General de la Universidad de San Carlos de Guatemala.