Al definir las funciones de la Dirección General de Administración, en 1985, se prevé la necesidad del funcionamiento de un archivo general para la Universidad. Sin embargo, con Acuerdo de Rectoría No. 1,431 del 11 de noviembre de 1986, se crea el Archivo y Centro de Documentación General de la Universidad de San Carlos. Durante el primer semestre de su funcionamiento, se le conoce como División de Archivo y Centro de Documentación General y orienta sus esfuerzos hacia la conformación del archivo de la Universidad.
Adicionalmente, al Archivo y Centro de Documentación General de la Universidad de San Carlos se le transfiere el recurso documental, financiero y humano así como el mobiliario y equipo de la Sección de Archivo y Referencia de la División de Publicidad e Información. Esta Sección es creada a través del nombramiento de su Jefe en el Acuerdo de Rectoría No. 483-81, del 26 de junio de 1981.
Posteriormente, en la Unidad de Clasificación de Puestos, con base en el Acuerdo de Rectoría No. 149-87 donde se nombra a la Jefa de esta nueva unidad, se realiza un estudio somero para la clasificación de ese puesto y en el Dictamen DAPC 81-87 del 29 de abril de 1987, se concluye que el nombre Jefe de Archivo y Centro de Documentación era específico y único para la Unidad. Además, se le considera inconveniente, porque había otras unidades de similar naturaleza con puestos de categorías genéricas, por lo que se le asigna la denominación y la escala de Jefe de Centro de Documentación y Referencia I.
A partir de este dictamen, se decidió suprimir las funciones de archivo y mantener las funciones de un centro de documentación y referencia. Por algunos años a esta Unidad se le conoció como Centro de Documentación y Referencia I.
Después de un diagnóstico que es realizado en 1992, se hace evidente la necesidad institucional de contar con una unidad en la que se realizaran funciones de archivo general de la Universidad y no de un centro de documentación general. Por esa razón, con el Acuerdo de Rectoría No.1,423-93 se le modifica el nombre, se le denomina Archivo General de la Universidad de San Carlos de Guatemala y se le definen sus funciones como tal.